在过去的几十年中,癌症免疫疗法极大地改变了肿瘤治疗领域。不过,虽然像检查点阻断等治疗方法可产生显著的临床反应,但其功效在癌症患者或癌症类型中并不均匀。由于肿瘤微环境的高度异质性和复?#26377;裕?#38656;要对浸润淋巴细胞进行分析,以表征不同类型免疫细胞的众多基本特性,这些特性是癌症免疫疗法中许多未解决的问题的关键。

T细胞是一种淋巴细胞,在细胞介导的免疫调节中起重要作用。通过细胞表面上存在的T细胞受体,可以将T细胞与其他淋巴细胞(例如B细胞和天然杀伤细胞)区分开。大多数人类T细胞,称为αβT细胞,其细胞受体上的α和β链重排。泓迅科技可提供T细胞受体库测序及生信分析,以T淋巴细胞为研究目标,采用靶向扩增技术获取TCR α&β的CDR3区域序列,并结?#32454;?#36890;量测序技术和生物信息学分析手段,深度解析T细胞受体库的特征,为肿瘤、感染、自身免疫等免疫相关疾病的临床试验、创新性治疗等研究提供灵敏、精确、可靠的检测手段。

服务优势

  • 独特的内部数据挖掘工具,对抗体测序结果进?#24615;?#22788;理,最大程度避免假阳性等测序误差
  • 完备的生物信息学分析,经验丰富的抗体研究团队,专有的抗体大数据平台,深度挖掘高价值信息
  • 重庆时时彩现场开奖

    服务流程

    T细胞抗体测序分析服务流程

    泓迅经典案例

    泓迅科技根据?#31361;?#25152;提供的样品,提取RNA,通过RACE等扩增方法,构建T细胞库,并通过高通量测序和后续的生物信息学分析,出具完整的T细胞组库分析报告。
    结果展示:
    (1) VDJ 基因参考序列比对
    利用软件将每个样本测序得到的序列与数据库中记录的 VDJ 基因参考序列进行比对,根据比对结果去除无效的序列,包括未必对上、含终止密码子的序?#23567;?#26681;据每条序列的比对结果,确定相应的 VDJ 基因的使用情况和具体的 CDR3 区域序?#23567;?/p>

    (2) VDJ 基因使用频率分析

    Table 1 TRA样本中 V 基因使用频率统计

    Gene_name Chain type Reads Frequency
    T21 TRA 158837 0.21722
    T13-1 TRA 85909 0.117486
    T9-2 TRA 81985 0.11212
    T38-2/DV8 TRA 50525 0.069096
    T4 TRA 37409 0.051159
    T20 TRA 24028 0.03286
    T2 TRA 23311 0.031879
    T7 TRA 22040 0.030141
    T12-1 TRA 19884 0.027193
    T5 TRA 17587 0.024051
    T1-2 TRA 16149 0.022085

    T细胞抗体测序分析服务1
    T细胞抗体测序分析服务2

    T细胞抗体测序分析服务3 T细胞抗体测序分析服务4

    (3) CDR3 区域长度分析

    CDR3 区域长度分析

    (4) CDR3种类分析

    Table2 TRA测序统计CDR3氨基酸序列长度

    CDR3 Reads Frequency len
    DNNNDMR 3560 0.004869 7
    VISRTL 1688 0.002308 6
    AVTGNQFY 1397 0.00191 8
    AVDSNYQLI 899 0.001229 9
    AVNSGNTPLV 847 0.001158 10
    AVNRDDKII 718 0.000982 9
    AVEYGNKLV 700 0.000957 9
    AATDSWGKLQ 696 0.000952 10
    AVTSGSRLT 690 0.000944 9
    SRTL 676 0.000924 4
    AVQGGSEKLV 661 0.000904 10
    LVGDTGRRALT 540 0.000738 11

    Table 3 TRA测序统计CDR3核酸序列长度

    CDR3 Reads Frequency len
    GACAATAACAATGACATGCGC 3560 0.004869 21
    GTGATATCCAGAACCCTG 1533 0.002096 18
    TCCAGAACCCTG 676 0.000924 12
    GCTGTGGATAGCAACTATCAGTTAATC 647 0.000885 27
    GCTGTGGAATATGGAAACAAGCTGGTC 644 0.000881 27
    GCTGTGAACAGAGATGACAAGATCATC 599 0.000819 27
    GCTCTGAGTGACAATGACATGCGC 513 0.000702 24
    GCTCTGAGTGAATATGGAAACAAGCTGGTC 507 0.000693 30
    GCAGAGAGTTATAATGCAGGCAACATGCTCACC 493 0.000674 33
    GCTGTGAGTGGAGGCTTTGGGAATGTGCTGCAT 487 0.000666 33
    GCTGTGAGAGCCCCGACGTACAGCAGTGCTTCCAAGATAATC 407 0.000557 42

    CDR3种类分析

    (5) 序列总长排序

    Table4 TRB氨基酸序列总长reads数

    氨基酸基因序列长度 氨基酸数目 丰度
    1491 147 0.096324
    620 139 0.044324
    540 143 0.040395
    516 147 0.041955
    496 141 0.043976
    433 145 0.041868
    366 109 0.041762
    387 148 0.039055
    504 143 0.042773
    260 148 0.032298

    (6) 样本测序饱和度分析

    样本测序饱和度分析 样本测序饱和度分析1

    (7) V基因与J基因组合在两个样本内相同组合的差异,体现在相关序列的Reads数的变化

    T细胞抗体测序分析服务5

    服务详情

    服务名称 主要内容 分析软件 交付周期 交?#26029;?#30446;
    T细胞抗体测序分析服务 测序数据挖掘;
    抗体信息分析等
    R, Python
    Software等
    7~10天 分析报告

    * 如需订购抗体测序服务,请了解相关服务:杂交瘤细胞抗体基因测序抗体组库/免疫组库测序,或详询[email protected]

    抗体测序生信分析服务订购

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    2. 电话订购:您可以直接拨打免费热线4000-973-630转803联系我们经验丰富的工程师
    3. QQ咨询:任何技术问题均可与我们在线互动,泓迅科技官方企业QQ:4000-973-630